بررسی برهم‌کنش مواد موثر عصاره زعفران با پروتئین نورآمینیداز ویروس آنفولانزا با رویکرد شبیه‌سازی دینامیک مولکولی

مقالات آماده انتشار

نوع مقاله : علمی و پژوهشی

نویسندگان

سپیده امجد ایرانق ¹

,مریم بندخت ²

¹ دانشگاه صنعتی امیر کبیر

² دانشکده مهندسی مواد ومتالورژی، دانشگاه صنعتی امیرکبیر، تهران-ایران

10.22067/jmme.2026.97530.1236

چکیده

بیماری‌های حاد تنفسی از جمله آنفولانزا، به‌دلیل افزایش مقاومت به داروهای ضدویروس، همچنان یکی از چالش‌های مهم سلامت جهانی به‌شمار می‌روند. در این پژوهش، به‌منظور بررسی رفتار ترکیبات گیاهی، برهم‌کنش دو ترکیب زیست‌فعال زعفران شامل پیکروکروسین و سافرانال با پروتئین نورآمینیداز ویروس آنفولانزا با استفاده از شبیه‌سازی دینامیک مولکولی مطالعه شد. شبیه‌سازی‌ها در شرایط فیزیولوژیکی انجام شد. آنالیزهای RMSD، RDF، SASA، شعاع ژیراسیون و پتانسیل الکترواستاتیک انجام گردید. نتایج آنالیز RMSD نشان داد که پیکروکروسین تغییرات ساختاری در پروتئین ایجاد می‌کند. آنالیز RDF نشان داد که سافرانال در فواصل نزدیک‌تری نسبت به پیکروکروسین در اطراف پروتئین دیده می‌شود (در شعاع 8/0 نانومتری). همچنین آنالیز SASA افزایش آب‌دوستی سطح پروتئین را در حضور سافرانال تایید کرد. این یافته‌ها، بینشی در مقیاس مولکولی از برهم‌کنش ترکیبات زیست‌فعال زعفران با پروتئین‌های ویروسی فراهم می‌کنند. نتایج نشان داد که این عصاره‌ها می‌توانند در مواجه با ویروس آنفولانزا موثر باشند و می‌توان از آن‌ها به عنوان مهارکننده پروتئین نورامینداز ویروس آنفولانزا نام برد.

کلیدواژه‌ها

شبیه‌سازی دینامیک مولکولی

عصاره‌های گیاهی

برهم‌کنش پروتئین-لیگاند

پروتئین نورآمینیداز

آنفولانزا

موضوعات

• بیو مواد

---

عنوان مقاله English

Investigation of Safranal Interaction with Influenza Neuraminidase Using Molecular Dynamics Simulation

نویسندگان English

Sepideh Amjad-Iranagh ¹

Maryam Bendokht ²

¹ Materials and Metallurgical Engineering Department, Amirkabir University of Technology

² Materials and Metallurgical Engineering Department, Amirkabir University of Technology

چکیده English

Acute respiratory diseases, including influenza, remain major global health challenges due to the increasing resistance to antiviral drugs. In this study, to investigate the interaction behavior of herbal compounds, the interactions of two saffron-derived bioactive compounds, Picrocrocin and Safranal, with influenza neuraminidase were examined using molecular dynamics simulations. All simulations were performed under physiological conditions. SASA, RDF, RMSD, gyration radius and electrostatic potentioal were done. The results of RMSD analysis indicated that picrocrocin induced pronounced structural changes in the protein. RDF analysis demonstrated that safranal remained closer to the neuraminidase surface (approximately 0.8 nm), in comparison to picrocrocin. In addition, SASA analysis showed an increased surface hydrophilicity of the protein in the presence of safranal. These findings provide molecular-level insight into the interactions of saffron-derived bioactive compounds with viral proteins. The results showed that these bioactive compounds can be effective in interacting with influenza virus and they can be used as influenza virus neuraminidase inhibitor.

کلیدواژه‌ها English

Molecular Dynamics Simulation

Herbal Compounds

Protein-Ligand Interaction

Influenza Neuraminidase

Influenza